全案確定後，署名「台灣高等法院台中高分院法官們」持續寄發檢舉信，向監察院、最高檢察署、法務部廉政署等各單位檢舉涉弊案，直指翁茂鍾於更一審期間透過管道向承辦同仁請託關說，並表示和時任高院院長石木欽多年好友非常麻吉。
特偵組收到檢舉發交台中地檢署，因查無具體貪瀆事證，經中檢予以簽結，並函報最高檢察署，但同一內容檢舉信亦經廉政署報請台北地檢署，最高檢察署乃於特偵組裁撤時，將同案發交北檢併案偵辦。
北檢也查無具體犯罪事證，但查出有司法官有行為失當情事，乃函報最高檢察署轉司法院，經司法院移送監察院彈劾，並移送懲戒後，監察院提出調查報告，認為本案更一審判決明顯違背法令，且有統一適用法令必要，促請法務部轉所屬研提非常上訴。
最高檢研究全案後，認為翁茂鍾等人有使用他人帳戶買賣應華股票，並有相對成交、相對數量相近、連續多日成交數量占當日成交量比例逾20%以上或有影響股價情形。
應華當時股價「漲」幅為22.44% ，而同期間同類電子類股則為「跌」幅16.46%，顯見原確定判決理由矛盾、嚴重違反論理法則與經驗法則。
此外，最高檢認為原確定判決認翁茂鍾等人利用所掌控帳戶大量買賣應華公司股票、連續多日占成交量比例逾20%以上、影響股價、相對成交、相對數量相近等情事，及應華股價當時大幅上漲，足見翁茂鍾等人有操縱股價主觀意圖及客觀行為，原判決理由自相矛盾，嚴重悖離實務上操縱股價案例。
最高檢認為，最高法院曾因兩判決就被告提出因資金需求而買賣股票抗辯，一為判決有罪確定，一為無罪確定，足見認翁茂鍾等人以為籌措資金而售股，能否排除構成操縱股價罪不法意圖，因最高法院見解南轅北轍，學界與實務界對此也有所批判，為解決法律歧異，有必要提出非常上訴予以統一見解。
