裁定書指出六大爭議法律暫停適用，第一是立院聽取總統國情報告即時回答部分，也就是職權行使法第15條之4，大法官認為，這是立法院於憲法未有明文規定下，逕於規範自身職權行使的法律中，課予總統義務，要求其應即時或限期回應立法委員口頭或書面提問，因而產生其規定是否逾越立法院職權分際而有違反憲法權力分立原則的違憲疑義。暫停本條文之適用，可避免上開憲政疑義與衝突。
第二是立院對行政院長及部會首長質詢及反質詢處罰的爭議，這是職權行使法25條，大法官認為，憲法增修條文的憲法責任政治規定，立法轉換為行政院院長及所屬各部會首長，應對立法委員履行各種具體法律上義務規定，並以裁處罰鍰作為促使義務履行的強制手段，非無違反憲法責任政治原則疑慮，並有破壞憲法機關間平等相維的憲法精神之虞。若遽予適用，勢將引發立法院與行政院間之憲政衝突，甚至形成憲政僵局。
第三是職權行使法第29條之1第3項、第30條第3項、第30條之1第1項及第2項人事同意權之行使部分，大法官認為，這些規定除影響總統依憲法相關規定，就司法院、考試院與監察院等憲法機關及審計長所享有的人事提名權，及總統或行政院院長就相關法律所定人事提名權之有效行使外，其規定內容也足可牽制相關憲法機關、特定行政機關或職務的適時組成及其有效運作，並妨害此等憲法上特別重要公益的實現，足使該等公益蒙受難以回復的重大損害。
第四是關於調查委員會與調查專案小組部分，依職權行使法第45條、第46條之2第3項、第47條、第48條第2項及第59條之1第1項，也就是調查權的行使，大法官認為，有關立法院調查權行使，包括要求提供資料、調閱文件及命相關人員為證言與接受詢問等之規定，均是立法院在未有憲法明文下，於規範自身職權行使之法律中所創設。在形式上與釋字第325、585及729號等解釋意旨存有差異，所生違憲疑義可能會進一步引發立法院與其他憲法機關間之權限與功能分配、憲法職權行使的競合等憲法權力分立與制衡的憲政爭議。
大法官認為，相關義務人依調查委員會或調查專案小組要求，被迫履行義務，相關文件、資料、檔案、證言與陳述內容等所包括之重要資訊或秘密一旦被迫提供或揭露，往往如覆水難收，對義務人受憲法保障之相關權利，如隱私權、資訊隱私權、保障營業秘密之財產權及不表意自由等，也將造成不可逆損害，幾無回復原狀可能。關於調查委員會與調查專案小組部分，亦應一併暫停適用。
第五是聽證會部分，大法官認為，關於行使法第59條之3第2項、第59條之5第2項、第4項、第5項及第6項聽證會之舉行部分，這規定適用於「社會上有關係人員」部分，於委員會舉行聽證會時，明文課予受邀的社會上有關係人員，無正當理由不得缺席、拒絕表達意見、拒絕證言等法律上義務，是否逾越憲法第67條第2項規定之規範意涵，已非無疑。
大法官認為相關規定對人民課予提供資料的義務，並未設定資料範圍、得拒絕提供資料的正當事由，及發生爭議時的紛爭解決機制等規定，對被課予義務的人民受憲法保障的相關權利，如隱私權、資訊隱私權與財產權等憲法上權利影響至鉅，存有違憲疑義。
第六，關於藐視國會罪的新修訂刑法第141 條之1規定部分，大法官認為是刑法中首度以公務員於立法院聽證或受質詢時之表意行為，作為犯罪行為予以處罰規定；究其規範脈絡，應係是配合職權行使法規定所為刑罰規定。這犯罪的構成，應以上開規定對相關政府官員所課予之陳述義務為前提。考量相關刑罰前提所在的規定均已暫停適用，刑罰的規定如不暫停適用，則因任何人均得為犯罪的告發，檢察機關即應依法處理，從而被告發人將因本條規定而受犯罪追訴，致蒙受難以回復之程序性重大不利益，大法官也將刑法第141條之1規定宣告應一併暫停適用。
