濱口和野原確定接下《間諜之妻》編劇工作後，找上就讀東京藝術大學研究所的恩師黑澤清共同編劇。黑澤說：「當時我手上事情有點多，就拜託他倆先寫劇本。我收到劇本後，覺得非常棒，不過故事有點長，另需考量在製作預算內拍攝，我就進行了修改。」
被問到黑澤改了什麼地方，野原回應：「整體來說就是太長了，他告訴我們必須要修剪成約2小時。」濱口接著說明：「為了縮短長度，黑澤導演刪掉很多地方，但最近傳得有點誇張，說初版超過3小時，但沒有那麼長啦。」初版劇本大約2個半小時，黑澤主要針對長度刪除戲份，並評估劇情是否能在有限預算內呈現，來做取捨。
※以下含電影劇情
《間諜之妻》結局以簡單的字幕告知主角最終的遭遇，是黑澤清的想法。黑澤透露濱口與野原寫的結局停留在女主角聰子遇空襲，「這樣一來，聰子的表情會成為最後的結論，我就思考這樣是否合適。」
黑澤認為空襲一來，大家面臨的是家園變得一團糟，「無論是誰都會很慌張，感到恐懼或悲傷，不過那就只是戰爭的一小部分。但是聰子的丈夫優作在滿州目睹的光景，又是完全不同的陰鬱感，把這些情緒統整起來，站在聰子的角度去看，她對戰爭整體又懷抱什麼樣的感情呢？我想把故事的結局拉到這個點上來呈現。」
濱口坦言當初完成劇本時，覺得自己安排的結局不錯，「但我也想過是否適合，對觀眾來說會不會太殘忍？最後黑澤老師用一個創意的手法，我覺得這樣的結局讓故事更完整。」
