《哲仁王后》剛開播時就引發了扭曲歷史、侮辱歷史的爭議，第二集台詞出現「《朝鮮王朝實錄》也不過是傳聞嘛」、「宗廟祭禮樂還要跳多久啊」，前者《朝鮮王朝實錄》是聯合國教科文組織選進「世界記憶計畫」的歷史文物，宗廟祭禮樂則被列為世界文化無形遺產，卻在劇中以輕浮口吻嘲弄，引來觀眾抗議。
雖為奇幻類型作品，但《哲仁王后》所處的時代背景為真實存在的哲宗時期，劇中出現的哲仁王后、哲宗、純元王后都是真實歷史人物，過於浮誇的設定等也引來不尊重歷史人物的批評。《哲仁王后》團隊在播出首週後立刻道歉並刪除爭議台詞，也強調絕無侮辱歷史人物的意圖，作品收視更從開播的8%，以翻倍的17.3%收官，在台灣也受到大批觀眾支持。
不過《朝鮮驅魔師》的爭議導致《哲仁王后》再次被翻舊帳，除了前述的扭曲歷史真相外，「辱韓」也成了韓國網友攻擊的方向之一。《哲仁王后》改編自中國劇《太子妃升職記》，《太子妃升職記》原著小說作者鮮橙XC曾多次在作品中辱韓，稱韓國人是「高麗棒子」，此爭議在開播當時就曾被提出，製作公司也回應：「《哲仁王后》是翻拍《太子妃升職記》的網路劇，並非小說，透過網路討論才知道小說作者的行為，對於事前沒有掌握資訊表示歉意。」
雖切割了與原著小說的關係，但韓國網友再揭中國劇《太子妃升職記》中女主角曾說「我差點就要去韓國整型了」，暗諷韓國女性都是靠整形，《哲仁王后》卻選擇翻拍這樣的作品，韓國網友認為這根本等於贊同《太子妃升職記》的辱韓意圖，表達不滿。
《哲仁王后》已劇終，風波對作品本身的影響不大，但卻莫名延燒至女主角申惠善身上。以《哲仁王后》人氣翻漲的她，近來接下不少代言，卻因民眾揚言抵制她的代言商品，17日才宣布請她代言人的口罩品牌「WeMustM」擔心銷量受影響，9天後的今天立刻宣布「將暫停出貨1100個申惠善代言的品項，會評估各方意見後再決定之後的生產規劃。」
不過台灣時間下午3點多左右，「WeMustM」更新立場：「我們決定繼續不中斷與申惠善合約。經過內部討論後，我們判斷了這次的作品的爭議中，申惠善並沒有做錯任何事情，所以會將暫停出貨的口罩重新出貨。」
另外，炸雞品牌「CHICKEN PLUS」也是由申惠善擔任代言人，品牌廣告更搭上《哲仁王后》熱潮，請申惠善以劇中哲仁王后裝扮演出，但品牌的YouTube影片下已開始被網友洗版揶揄「我看你們是扭曲歷史PLUS吧」、「滾去中國賣吧」。京鄉體育報指出，「CHICKEN PLUS」表示和申惠善的合約剩下幾個月，目前內部正在評估是否要下架申惠善的廣告。
