不過，即便鄭文燦是被告，司法機關仍須給予準備答辯的時間，專案小組採奇襲偵查的意味相當濃厚，過去監察院認為侵害當事人權益，多次約談法務部官員要求改進，法務部也三令五申要各檢察機關嚴守程序正義，但鄭文燦對檢調突如其來的動作相當配合，並未計較，仍同意前往應訊。
其實，專案小組在今年6月3日首度對此案發動約談，傳喚楊兆麟、侯水文及廖家父子等5人到案，除楊獲請回，其餘4人均遭聲押禁見獲准。6月21日檢方再度傳喚楊兆麟，懷疑他是行賄案的幕後總舵手，向法院聲押，不過，法院諭知350萬元交保，檢方抗告後，院方仍維持交保裁定，但將保釋金加碼至1,000萬元。
無獨有偶，與鄭文燦類似的案例，是前嘉義縣長張花冠被控在2013年立委任內，涉收受嘉義縣大埔美香草藥草生物科技園區開發廠商3,000萬元賄款，協助廠商取得土地設定和展延融資，嘉義地檢署依貪汙罪起訴後，一、二審皆判張花冠無罪，最高法院在2016年駁回檢方上訴，全案定讞。
張花冠辯稱3,000萬元是與廠商的借貸，加上法院認為她和承辦開發案的農委會及嘉義縣政府人員，彼此間無「行政一體」的上下隸屬關係，縱使立委為反映民意或居中協調，不管有無從中獲得金錢利益，相關行為未必和職務上行為有關，不能因此認定成立收賄罪。
這二起案件中如何解釋金流至關後續審理，張花冠及鄭文燦都主張是借貸關係，二案最大差異是，大埔美案由經建會在2004年通過科技園區BOT開發案，後來開發廠商自行停工，被縣府解約；但華亞科技園區旁的9.5公頃案胎死腹中，直接被內政部擋了下來，顯見鄭文燦使不上力，因此他有無藉由職務索賄？對價關係是否成立？勢必成為法院攻防的重點。
