擔任導演侯孝賢電影美術指導將近30年的黃文英表示，早在十多年前就曾看過余靜萍獲得電視金鐘獎攝影獎的作品《舊情照相館》，後來得知余靜萍為《七月與安生》《少年的你》等電影掌鏡都有不錯的表現，所以請她共同合作《車頂上的玄天上帝》。
活躍於兩岸三地的余靜萍笑說，「一直很欣賞黃文英美術方面的表現，所以接拍前有點緊張，但後來發現與美術指導出身的導演合作，壓力反而少。」由於攝影師是拍攝階段最後把關畫面呈現的人，拍攝前余靜萍都得注意演員妝髮、道具擺設等細節，隨時與美術部門溝通，但這次導演比她更在意，都會先處理。
《車頂上的玄天上帝》以黃文英家族的故事為靈感，片中家族對於玄天上帝的信仰也貫穿全片。拍片現場黃文英感覺似乎有玄天上帝保佑，即使遇上疫情，劇組80多人無人確診，如期以42個工作天殺青。但後製的特效、剪輯、音樂與歌曲版權部分卻耗費不少時間。
全片藉大量老歌還原時代感，取得授權的過程幾經波折，總授權費高達上百萬元。例如片中李千娜唱台語老歌〈黯淡的月〉，就要付詞、曲和翻唱3筆費用；〈老爺爺的大鐘〉是19世紀美國歌曲，曲的部分無版權問題，但日語版歌詞仍要付費。有些日本老歌，還透過友人幫忙才取得家屬授權。
